江宁城内的清廷官员还在纠结是否出城接战的时候，楚军偏师已然进抵至南都城下，相比于楚军以往攻下的城池，南都城墙规模更显宏大，光是城墙共有四道，分别是宫城、皇城、京城、外廓。
仅仅是京城的城墙就长达近七十里，东傍钟山，西据石头城，南凭秦淮，北控后湖，都是用巨大的条石砌基，用巨砖筑成，规模恢弘雄壮，十分坚固。城基宽约四十五尺，最宽处达九十尺，高约六丈三尺，有垛口一万三千多个，窝铺二百座，城门十三座。
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传说朱元章造好京城以后，就带着他的文武百官登上钟山观察都城的形势。他们发现宫城距离钟山太近，如果在山上架炮，皇宫很容易被击中，而且还有一些重要制高点，如南面的雨花台和北面的幕府山都在城外，对城防非常不利。
于是，朱元章又于洪武二十三年下令建造外郭城，这座外郭城主要是利用应天府城外围的黄土丘陵筑成，只在一些防守薄弱地段加砌一部分城墙并开设城门十八座，所以俗称“土城头”。
整个外廓将钟山、雨花台、幕府山、玄武湖等战略要地都圈进了城墙里面。
由于外廓周长一百多里，加上有些地方没有城墙，只是一些黄土丘陵，而南都的清军总兵力不过两万余人，根本无法守住如此漫长的城墙。
为了避开楚军锋芒，两江总督阿席熙和江宁将军喀楚还是拒绝了江大治出城击贼的构想，而是把有限的兵力全部收缩至内城，也就是所谓的京城，当然这并不是阿席熙和喀楚怕了楚军，而是他们摸不清楚军的虚实，想着先依靠江宁坚固的城墙挫动楚军锐气，然后再寻机破敌。
楚军顺利占领了外廓后，即将大营扎于玄武湖东岸，兵压南都北门太平门。同时在神策门附近也设立了大营，以为虚张声势之计。为了不至兵力过于分散。其它城门没有派兵攻打，只派少量哨探监视。
马仲英之所以选择在西北二门作为主攻方向，原因就是朱元章在修建南京皇宫时，考虑到皇城风水问题。以紫金山的龙广山今富贵山作为靠山，因此太平门区段没有护城河。
南都外廓并非一片荒芜，有居民数十万，甚至包括以前明朝时期的刑部、大理寺、都察院等衙署都在外廓的玄武湖边，只不过数十年下来，却是早已破旧不堪。
楚军在太平门立寨后，即在幕府山高地布置了火炮阵地，将在句容和溧阳缴获的二十几门千斤大将军炮架到了山上，开始炮击南都城墙，当然，马仲英并不指望能轰开南都城墙，而是想要这炮声告诉城内的守军，这南都城，楚军是不克不休的
对于抵达南都的楚军，外城的百姓并没有过分欢迎，但这不代表他们不支持楚军，他们只不过是被清军怕了，二十年前朱成功在南都兵败那会，两广总督郎廷左和安亲王岳乐可是在外城捕杀亲明的百姓数千人，那一顿好杀甚至将玄武湖的水都染透了。
楚军兵临城下后，两江总督阿席熙严令所有人不得上街，并在城区主要的街道都布有人马巡逻，严密盘查奸细。
在这种高压手段下，城中百姓只有躲在家里，街上除了巡逻的清军外，几乎不见一个行人的，但在这压抑的气氛下，南都绅民的内心却充满喜悦。