在陀罗地剿灭蛇灵总坛之后，狄仁杰等人返回洛阳，面见了武则天，汇报了战况之后，也提到此事还有后续，从皇帝手中要到了便宜行事之权。
从武则天那里回来不久，禁军统领恒斌向狄仁杰说起了一个情况，那就是太子府中最近在大兴土木。
太子处境艰难，一向低调，又以节俭著称，突然大兴土木，着实可疑，狄仁杰马上潜入太子府探望。
经过狄仁杰仔细攀谈探究，他发现太子是个假的，未免打草惊蛇，他没有妄动，之后他又从鲁老汉口中得知，得知了袁天罡的一些秘辛。
狄仁杰觉得，现在可以收网了！
他带着人抓住了假太子，搞清楚了太子府大兴土木的秘密，然后带着人从密道杀奔太子府，剿杀藏在这里的蛇灵组织残党。
猝不及防之下，蛇灵残党节节败退，狄仁杰就出了被囚禁的真太子，就在准备先行护着太子撤离，再调大军过来支援时，局势竟然发生了变化。
狄仁杰他们被蛇灵的人包围了。
原来，恒斌是和小梅都是内奸，他们都是蛇灵的人，特别是小梅，她和前去刺杀虺文忠的小凤乃是双胞胎姐妹，两人合体，便是六大蛇首唯一还未献身的血灵。
蛇灵组织在设套引狄仁杰来救太子，就是为了除掉他这个绊脚石。
这时，另一头抓住前来刺杀虺文忠的小凤，李元芳和虺文忠赶到太子府，护在狄仁杰面前。
然而不成想，关键时刻，虺文忠反水，点住了李元芳的穴道，另一边，被囚禁在狄府的小凤也和鲁老汉来到了此地。
眼见大势已定，狄仁杰再也翻不了天，鲁老汉终于露出了真面目——袁天罡。
是的，袁天罡没死，这一切都是他的阴谋！
原来，袁天罡被囚禁多年，老谋深算的他早就知道肖清芳野心勃勃，自己出去很可能和其冲突，于是便联系忠于自己旧部，事先做了安排。
恒斌早就安插在宫里，不必多说，其他几人，袁天罡用了三次苦肉计，把自己人安插在狄仁杰身边。
先是小梅反叛，利用如燕获得信任，追随狄仁杰，后来用让虺文忠先救了皇上，又和肖清芳闹不和，惨被追杀，被狄仁杰看重。
其实虺文忠之前根本没中毒，蛇灵总坛杀肖清芳和那两个护卫的就是他自己，在陀罗地和李元芳大战的假蝮蛇也是他。
他本想干掉李元芳这个狄仁杰的左膀右臂，然后自己成为狄仁杰的新心腹，结果不想李元芳是个挂逼，计划失败。
至于袁天罡自己，则和鲁老汉互换身份，被肖清芳杀了的是鲁老汉，而他则易容成鲁老汉，混到了主角团。
同时，因为肖清芳是蛇灵老大，她成了狄仁杰眼中的靶子，所有的注意力几乎都在肖清芳身上。
而袁天罡借刀杀人，不但宰了肖清芳这个叛徒还铲除了已经不忠诚他的蛇灵党羽，最终还不声不响的将狄仁杰带到绝地。
袁天罡的手段堪称恐怖，然而，杀狄仁杰只是他计划的一环，他真正的目的才是真正的惊天阴谋。
早在十年前，袁天罡就开始布局，他在洛河献碑之后，就推算出下一次洛河涨潮的时间在十年后，然后他就想出了一个计划。
先是建立蛇灵组织，培养势力，后来意外被抓，但也没有放弃计划，默默等待洛河涨潮即将来临之际，成功脱身。
然后就开始算计狄仁杰和肖清芳互斗，自己则派人在太子府修建水闸。
太子府紧邻洛河，在这里挖一条暗道，通过水闸，可将洛河之水直接引入皇帝和百官所在的麟德殿。
到时皇帝百官丧命，他扶持假太子登基，然后一步步掌握国政，收拢权力，最后改朝换代。
袁天罡很是得意，自己这个计划天衣无缝，连狄仁杰这个当朝第一智臣也被他玩弄在股掌之中。
如今眼见大局已定，十年蛰伏终于计成，他岂能不高兴。
可惜，他高兴的太早了，也太小瞧狄仁杰这个对手了。
狄大嘟嘟最擅长的不是智谋，而是扮猪吃虎钓大鱼
随着狄仁杰一声“动手”，小凤突然一刀捅死小梅，被点穴的李元芳也一跃而起，杀向虺文忠。
之后太子府外杀声四起，有人来报，大将军王孝杰带兵攻破太子府，蛇灵残党难以抵挡。
这时候轮到狄仁杰装逼了。
狄阁老气定悠闲，神色淡淡说出了自己布局，原来他早就看出卧底在他身边三人的不对劲。
小梅是因为在联络地露出了马脚，而虺文忠则是因为肖清芳和那两个被杀的护卫，那三人全被割喉，而虺文忠则是腹部中刀，以狄仁杰的谨慎，不可能不防备他。
至于袁天罡，则是因为他说漏了洛河献碑，此事乃绝密，之前除了武则天和袁天罡没人知道。
就算袁天罡泄露给别人，也不会是鲁老汉一个机关工匠，所以那时，袁天罡的马甲就掉了。
狄仁杰何等智绝，察觉到袁天罡等人的身份后，很快就把他们的计划推算的七七八八。
之后就简单了，在此之前，李元芳就去拜访了王孝杰，在周围埋伏人马，而李元芳抓住小凤之后，就安排如燕易容扮成小凤，这才会出现之前姐妹相残的戏份。
如燕杀死了自己的“好闺蜜”小梅，虺文忠也没敌过李元芳这个一生之敌，惨死刀下，袁天罡被抓，赐毒酒自尽，蛇灵逆党全部覆灭。
而狄仁杰因为知道了武则天登基的秘密，主动请辞，但却被武则天派到了江州。
到这【蛇灵案】全部结束，《神探狄仁杰2》的第三案【江州案】明日播出。
不过这些都是后话了，韩军现在注意力全放在和媳妇争辩这场“洗碗之约”谁赢谁输的问题。
按理说，【蛇灵案】幕后最后的大boss是袁天罡，他们夫妻俩都猜错了，算是平局，但刘真真认为，她猜的虺文忠确实是隐藏的反派，而韩军认为的太子和此案没关系。
从这点看，她的猜测比韩军更接近正确答案，所以她赢了。
这不是强词夺理吗！
韩军不服，但可惜他争不过自家媳妇，加之对方还有人质（儿子）在手，并以帮他在岳父岳母面前多说几句“好话”为威胁，成功让韩军低头。
叹了口气，韩军举起手里的啤酒，咕咚咕咚干了小半瓶。
只觉苦酒入喉心作痛，连忙多吃两口猪头肉压一压………
………
【蛇灵案】大结局，让《神探狄仁杰2》的收视率干到323，豆花评分也来到91。
这时候，《神探狄仁杰2》的收视率涨幅已经明显出现颓势，可以看出距离天花板越来越近。
不过，毕竟还有一个大单元十多集的剧情没播出，外界还是很看好《神探狄仁杰2》最终收视率突破35大关……